Rašytiniuose šaltiniuose minima, kad dar šešioliktame šimtmetyje karaliaus Žygimanto Augusto 1571 m. potvarkiu Lietuvoje buvo įsteigta medicinos policija. Pagal galimybes buvo rūpintasi prieglaudų gyventojų švara, gatvių valymu, vandens telkinių priežiūra.
1877 m. pirmą kartą Vilniaus mieste buvo išrinkta Vilniaus miesto valdybos Vykdomoji sanitarijos komisija, kurios pirmininku paskirtas I. Meisneris. Miesto gyventojams grėsė maro epidemija, todėl šiai komisijai buvo pavesta parengti ir įgyvendinti keletą svarbių privalomųjų potvarkių: dėl miesto kiemų, laiptinių, astenizacijos duobių tvarkymo ir dezinfekcijos.
1883 m. prie Gydytojų draugijos buvo įkurta laboratorija, kuri gyventojams ir gydymo įstaigoms atliko mikrobiologinius vandens, dirvožemio, oro ir maisto produktų tyrimus, siekdama sustabdyti miestiečių sergamumą įvairiomis ligomis. 1897 m. gydytojas V. Orlovskis Basanavičiaus gatvėje įsteigė Pastero stotį ir jai vadovavo iki 1945 m. Šioje stotyje miesto gyventojai buvo nemokamai skiepijami nuo raupų, pasiutligės, taip pat buvo gydomi šunų apkandžioti žmonės. Tuo pačiu metu atsirado būtinybė įsteigti dezinfekcijos kamerą. Joje buvo dezinfekuojami susirgusių tuberkulioze, maru, cholera, dėmėtaja šiltine ligonių drabužiai ir daiktai.Vilniaus miesto sanitarijos komisija svarstė ir priėmė įvairius sprendimus dėl prekybos pieno produktais, miesto valymo gerinimo, dezinfekcijos kameros darbo tobulinimo.
1908m. Vilniuje buvo įsteigta Analitinė stotis Milijonaja gatvėje (dabar Etmonų), o vadovu paskirtas gydytojas higienistas A. Voiničius. Šioje stotyje buvo atliekami vandens, maisto ir kiti bakteriologiniai bei cheminiai tyrimai. Netrukus miesto dūma įsteigė prekybos ūkio policiją sanitarinei priežiūrai vykdyti.
Po Pirmojo pasaulinio karo dirbo 9 apylinkių sanitarijos gydytojai. Kovai su tuo metu siautusiomis epidemijomis buvo išleistas nutarimas dėl priverstinės sergančiųjų užkrečiamosiomis ligomis hospitalizacijos, epideminių židinių dezinfekcijos, sergančiųjų infekcinėmis ligomis registracijos. Tuo metu pirmą kartą buvo organizuoti dezinfekuotojų kursai ir apmokyta dirbti apie aštuoniasdešimt žmonių. Tarpukario metu ir Vilniuje daug žmonių mirdavo nuo infekcinių ligų.
Analitinės stoties laboratorija tikrino visą Peterburgo – Varšuvos geležinkelio liniją, analizavo jos stočių ir geležinkelio, kazarmų vandenį ne tik sanitariniu požiūriu, bet ir techninėms reikmėms, tyrė Vilniaus miesto sanitarines įstaigas, maisto produktus, vandentiekio ir nutekamuosius vandenis.
1941 m. pavasarį Vilniaus miestą nusiaubė vandens kilmės vidurių šiltinės epidemija, kurios metu sirgo daugiau nei penki tūkstančiai žmonių, apie du šimtai ligonių mirė. Vidurių šiltinės epidemija prasidėjo pavasario potvynio metu, Vilnelės upei užliejus artezinius šulinius. Tai ir paskatino organizuoti Vilniuje sanitarijos ir epidemiologijos stotį veikiančios laboratorijos pagrindu.
Antrojo pasaulinio karo metu, sutrikus miesto ūkio ir visai kitai mokymo bei gydymo veiklai, praktiškai neveikė Sanitarijos ir epidemiologijos stotis. Tik pasibaigus karui ir pradėjus atstatyti sugriautą ir nuniokotą ūkį, buvo atkurta Sanitarijos ir epidemiologijos stotis, kurios vedėju paskirtas F. Kasperavičius. Stotyje pradėjo veikti sanitarinė cheminė ir bakteriologijos laboratorija, skiepijimų, sanitarinio švietimo, sanitarinės statistikos punktai.
Pokario laikotarpiu, t.y. net iki 1985m. Sanitarijos ir epidemiologijos stočiai vadovavo gydytojas S. Potašinskis. Stotyje buvo organizuoti ir veikė šie skyriai: sanitarijos, epidemiologijos ir dezinfekcijos.
1963 m. stotis buvo perkelta į naujai įrengtas patalpas Žolyno g. 36.
1985 – 1989 m. stočiai vadovavo gydytojas L. Kalėtinas. Tuo laikotarpiu buvo įkurti nauji skyriai: organizacinis – metodinis, miesto planavimo ir projektų ekspertizės, gydymo įstaigų higieninės priežiūros, taip pat pradėjo dirbti elektromagnetinių laukų ir kitų fizikinių faktorių laboratorija.
1989 m. įstaigos vadovu paskirtas R. Brusokas. Prie Vilniaus visuomenės sveikatos centro buvo prijungtos Vilniaus oro uosto ir Pabaltijo geležinkelio Vilniaus apygardos sanitarijos ir epidemiologijos stotys, po metų ši jungtinė įstaiga buvo pavadinta Vilniaus miesto, po to regiono higienos centru.
Per paskutinįjį dešimtmetį keitėsi įstaigos uždaviniai ir funkcijos. 1995 m. Vilniaus regiono, Šalčininkų, Širvintų, Švenčionių, Ukmergės ir Vilniaus rajonų higienos centrai reorganizuoti į Vilniaus visuomenės sveikatos centrą. Per šį laikotarpį buvo įkurti nauji įstaigos padaliniai: Visuomenės sveikatos ugdymo skyrius, Medicininio karantino postas, Visuomenės sveikatos saugos skyrius, Visuomenės sveikatos saugos ekspertizės skyrius.
2000 m. higieninės kontrolės funkcijos panaikintos ir perduotos naujai sukurtoms institucijoms.
1999 m. parėmus Atviros Lietuvos fondui, buvo sukurta interneto svetainė, kuri ir toliau plečiama bei tobulinama. Interneto svetainė prieinama visiems šalies gyventojams ir dabar kiekvienas, surinkęs adresą http://www.vilniausvsc.lt , ras šiuos svarbiausius skyrius: “Istorija”, “Struktūra-telefonai”, “Funkcijos”, “Paslaugos”, “Gyvenimo būdas”, “Aplinka”, “Aktualūs straipsniai”, “Sergamumas”, “Ligos ir jų profilaktika”, “Teisės aktai”, “Programos” ir kt. Už kiekvieną svetainės skyrių yra paskirti atsakingi specialistai.
2001 m., taip pat remiant Atviros Lietuvos fondui, pradėta kurti Regioninė visuomenės sveikatos informavimo sistema, apimanti Alytaus visuomenės sveikatos centro, Vilniaus visuomenės sveikatos centro, Vilniaus rajono centrinės poliklinikos, Utenos visuomenės sveikatos centro ir Vilniaus visuomenės sveikatos centro Švenčionių filialo darbo veiklą bendruomenės sveikatos stiprinimo srityje. Šioje svetainėje bus pateikti duomenys apie visuomenės sveikatos būklę bei ją lemiančius veiksnius: biologinius, socialinius, ekonominius, gyvenimo būdą ir sveiką aplinką. Regioninę visuomenės sveikatos sistemą numatoma baigti kurti 2002-ųjų metų pabaigoje.
2001 m. rugsėjo mėn. Amerikoje prasidėjo atviras terorizmas. Nenustatyti asmenys juodligės sukėlėją platino per laiškus su milteliais. Praėjus mėnesiui po išpuolių pasaulio prekybos centre ir Pentagone, t. y. spalio 15d., prasidėjo laiškų siuntinėjimas su milteliais ir Lietuvoje. Iš viso per šį laikotarpį Vilniaus visuomenės sveikatos centro Mikrobiologijos laboratorijoje tyrimams dėl juodligės sukėlėjo buvo pristatyti 154 įvairūs daiktai. Buvo tirti 5 pašto maišai, kuriuose JAV ambasada gauna korespondenciją iš Amerikos. Viename iš jų aptikta juodligės sukelėjų..
2001 m. akredituotoje Mikrobiologijos laboratorijoje tarptautiniai ekspertai iš Norvegijos ir Prancūzijos atliko priežiūrinį vizitą. Laboratorija įvertinta gerai ir ji atitinka EN ISO 45001 standarto reikalavimus visuomenės sveikatos priežiūros srityje.
Prie jau esančių Centro laboratorijų prijungtos Užkrečiamųjų ligų profilaktikos ir kontrolės centro bakteriologijos, parazitologijos ir ypač pavojingų ligų sukėlėjų laboratorijos. Todėl gerokai išsiplėtė atliekamų paslaugų apimtys.
Įsteigtas Mokymo centras, kuriame kelia kvalifikaciją ir apmokomi dirbti naujausiais metodais šalies mikrobiologijos specialistai. Buvo atestuoti mikrobiologijos laborantai kvalifikacinei kategorijai gauti.
Per 2001 m. buvo reorganizuoti ir įkurti nauji įstaigos padaliniai: Darbo organizavimo ir kokybės vadybos skyrius, Kanceliarija.
Keletas įstaigos reorganizavimo etapų. 1988 m. sausio 26 d. Vilniaus m. Sveikatos apsaugos skyriaus įsakymu Nr. 12 Vilniaus m. Dezinfekcijos stotis prijungta prie Vilniaus m. sanitarijos ir epidemiologijos stoties.
1989 m. birželio 6 d. LR SAM ir Lietuvos civilinės aviacijos valdybos įsakymu 156/179 nuo 1989 m. birželio 12 d. Vilniaus aerouosto sanitarijos ir epidemiologijos stotis prijungta prie Vilniaus sanitarijos ir epidemiologijos stoties. 1990 m. gruodžio 22 d. LR SAM įsakymu Nr. 423 Vilniaus m. sanitarijos ir epidemiologijos stotis nuo 1991 m. sausio 1 d. pervadinta į Vilniaus higienos centrą ir įvesta direktoriaus pareigybė, pervadintos dirbančiųjų specialistų pareigybės. 1990 m. gruodžio 13 d. LR sveikatos apsaugos ministerijos įsakymu Nr. 401 Vilniaus miesto higienos centro direktorius nuo 1991 m. sausio 2 d. paskirtas Romualdas Brusokas. 1991 m. rugpjūčio 25d. LR Vyriausybės potvarkiu Nr. 568 ir 1991 m. rugpjūčio 5 d. LR SAM įsakymu Nr. 282 nuo 1991 rugsėjo 20 d. prie Vilniaus higienos centro prijungta Pabaltijo geležinkelio Vilniaus apygardos sanitarijos ir epidemiologijos stotis. Vadovaujantis LR SAM 1993 m. spalio 28 d. įsakymu Nr. 437, 1993 m. gruodžio 28 d. LR SAM įsakymu Nr. 516 ir 1994 sausio 17 d. Vilniaus regiono higienos centro įsakymu Nr. 2, Vilniaus higienos centras reorganizuotas į Vilniaus regiono higienos centrą. 1995 m. kovo 28 d. LR SAM įsakymu Nr. 71 iki 1995 m. balandžio 15 d. nuspręsta įsteigti visuomenės sveikatos pasienio kontrolės postus: Vilniaus aerouosto postą ir Vaidotų postą. 1995 m. balandžio 7 d. LR SAM įsakymu Nr. 188 ir1995 m. birželio 19 d. Nr. 316 Vilniaus regiono, Šalčininkų, Širvintų, Švenčionių, Ukmergės ir Vilniaus rajono higienos centrai reorganizuojami į Vilniaus visuomenės sveikatos centrą ir centro direktoriumi paskirtas Romualdas Brusokas. 1995 m. rugpjūčio 1 d. Vilniaus visuomenės sveikatos centro direktoriaus įsakymu Nr. 70k pervadintos dirbančiųjų specialistų pareigybės. 1999 m. balandžio 15 d. LR SAM įsakymu Nr. 169 Vilniaus visuomenės sveikatos centro Oro uosto higienos skyrius reorganizuotas į Medicininį karantino postą. 1999 m. birželio 1 d. LR SAM įsakymu Nr. 267 ir 1999 rugsėjo 1 d. Vilniaus visuomenės sveikatos centro direktoriaus įsakymu Nr. 32 Vilniaus visuomenės sveikatos centre įsteigtas Valstybinės higienos inspekcijos skyrius, l. e. p. paskirtas vyriausiasis valstybinis gydytojas higienistas.
Šiek tiek informacijos dėl pavadinimo keitimų. Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministro 1990 m. gruodžio 13 d. įsakymu Nr. 401 Vilniaus sanitarijos epidemiologijos stoties pavadinimas pakeistas į Vilniaus miesto higienos centrą. Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministro 1993 m. spalio 28 d. įsakymu Nr. 437 įstaigos pavadinimas nuo 1994 m. sausio 1 d. pakeistas į Vilniaus regioninį higienos centrą. Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministro 1995 m. balandžio 7 d. įsakymu Nr. 188 ,,Dėl visuomenės sveikatos centrų“ Vilniaus regioninis higienos centras reorganizuotas į Vilniaus visuomenės sveikatos centrą ir iki šiol taip vadinasi.
Vadovaujantis 2001m. spalio 4 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 1196, patvirtintas Visuomenės sveikatos priežiūros įstaigų tinko restruktūrizavimo planas. Siekiant sumažinti administracines ir ūkio išlaidas bei efektyvesnio jų valdymo, buvo sujungtos Vilniaus visuomenės sveikatos centro fizikinės, chemijos ir mikrobiologijos, Respublikinio mitybos centro, Valstybinio visuomenės sveikatos centro, Ekstremalių sveikatai situacijų centro kai kurios laboratorijos ir įsteigtas Nacionalinis visuomenės sveikatos tyrimų centras. Jis atlieka įvairius mikrobiologinius, parazitologinius, serologinius, cheminius, fizikinius, klinikinės diagnostikos laboratorinius tyrimus. Direktoriaus pareigas eina R. Brusokas. Nacionalinis tyrimų centras įkurtas 2003 m. liepos 1 d. rekonstruotame pastate Žolyno g. 36.
Nuo 2004 m. spalio 1 d. Vilniaus visuomenės sveikatos centrui vadovauja Vytautas Andriuška. Direktoriaus pavaduotojas Stanislovas Tabūnas kuruoja šias veikos sritis: užkrečiamųjų ligų profilaktika ir kontrolė; visuomenės sveikatos saugos ekspertizė; direktoriaus pavaduotojas Alvydas Mirinavičius kuruoja: visuomenės sveikatos ugdymą, visuomenės sveikatos saugą ir darbo organizavimą ir kokybės vadybą. Paskutiniais duomenimis, centre dirba 171 darbuotojas.
Šiuo metu Vilniaus visuomenės sveikatos centras veiklą vykdo vadovaudamasis 2000 m. lapkričio 9 d. Nr. 12 Valstybinės visuomenės sveikatos priežiūros tarnybos prie LR SAM direktoriaus patvirtintais nuostatais.